Para lembrar os leitores, o episódio final de “Voyager”, chamado “Endgame” (23 de maio de 2001), avançou para um possível futuro em que a USS Voyager conseguiu retornar à Terra, com 20 anos já tendo se passado. Janeway, lamentando uma decisão que tomou décadas antes, rouba um widget de viagem no tempo e volta no tempo para o “presente” de “Voyager” para confrontar seu eu mais jovem. A Janeway mais velha ordena que a Janeway mais jovem faça uso da tecnologia Borg para voltar à Terra mais rápido, embora a Janeway mais jovem esteja um pouco irritada que seu eu mais velho seja tão imprudente com a viagem no tempo.
Naquele futuro alternativo, o público viu o Doutor de volta à Terra com uma esposa, embora pouca informação tenha sido dada sobre ela. Depois que a Janeway mais jovem retornou à Terra mais cedo, essa versão alternativa do Doutor foi presumivelmente apagada da história. Pouco foi visto do Doutor após os eventos de “Endgame”.
“Prodigy” mostra o Doutor ainda servindo na Frota Estelar, vestindo um uniforme atualizado e de pé na ponte da Voyager-A com a Almirante Janeway no comando. Ele é o oficial médico chefe a bordo da nova Voyager. Importante, o Doutor ainda é interpretado por Robert Picardo, reprisando seu papel. Picardo tem agora 70 anos e parece um pouco mais velho do que em 2001. No entanto, graças à magia da animação, o Doutor não envelheceu um dia.
Como a Voyager-A é uma escola de aviação, o Doutor parece servir como uma espécie de diretor assistente. Ele também é quem direciona Dal (Brett Gray), Rok-Tahk (Rylee Alazraqui), Zero (Angus Imrie), Murf (Dee Bradley Baker) e Jankom Pog (Jason Mantzoukas) para suas estações na nave.
